Ο βιοαντιδραστηρας CARBOFIL βασίζει την λειτουργία του στην βιολογική διάσπαση των λιπών σε βιομάζα.

Αυτή συντελείται σε δύο στάδια :

Το πρωτο σταδιο της υδρόλυσης πραγματοποιείται σε αναερόβιες συνθήκες μέσα σε κλειστή δεξαμενή, η οποία τροφοδοτείται με την ημερήσια παραγόμενη ποσότητα λιπών.
Στην συνέχεια μέσα στον βιο-αντιδραστήρα γίνεται αποδόμηση των λιπαρών οξέων σε αερόβιες συνθήκες και μειώνεται το COD τουλάχιστον κατά 80% και τα λίπη κατά 90%.